Kala itu, Pollycarpus yang merupakan pilot Garuda tersebut menumpang pesawat Garuda Indonesia kelas bisnis yang sama dengan Munir. Dia sempat bertukar kursi dengan Munir sebelum kematiannya.
Usai pertemuan keduanya, Munir meninggal dalam penerbangan menuju Amsterdam, diyakini karena keracunan arsenik. Pembunuh diduga memasukkan racun melalui jus jeruk yang diminum Munir sebelum pesawat lepas landas.
Setelah sejumlah kejanggalan pembunuhan itu diungkap, Bareskrim Polri kemudian menetapkan Pollycarpus sebagai tersangka pada 18 Maret 2005. Pembunuhan tersebut, juga diyakini TPF melibatkan petinggi Badan Intelijen Negara (BIN) dan Garuda Indonesia.
Aksi yang dilakukan Pollycarpus diduga melibatkan mantan Deputi V BIN Bidang Penggalangan dan Propaganda kala itu, Muchdi Purworanjono. TPF mencatat setidaknya ada 27 kali panggilan telepon genggam Pollycarpus ke telepon genggamnya.
Pada 1 Desember 2005, jaksa penuntut umum Pengadilan Negeri Jakarta Pusat menuntut Pollycarpus dengan hukuman penjara seumur hidup kendati belakangan ia hanya divonis hukuman penjara 14 tahun oleh majelis hakim.
