Babak kedua, Malaysia memasukkab bek baru, Dominic Tan. Sementara Indonesia menarik pemain, Ramaai Rumakiek, dan memasukkan Elkan Baggott.
Pada babak kedua ini, Timnas Indonesia masih mendominasi jalannya laga, yang terus menggempur pertahanan Harimau Malaya.
Akhirnya gol kembali dicetak Pratama Arhan pada menit ke-50, usai menerima umpan dari Irfan Jaya. Indonesia unggul 3-1 atas Malaysia.
Skuad Garuda terus melancarkan serangan ke Harimau Malaya. Skor bertambah pada menit ke-82 dari sundulan Elkan Baggott umpan sepak pojok Evan Dimas.
Anak didik Shin Tae Yong ini berhasil bertahan dengan skor 4-1 hingga laga berakhir. Akhirnya, Timnas Indonesia lolos ke semifinal Piala AFF 2020, dengan status juara Grup B. (*)