Film itu berkisah tentang perjalanan bocah berusia 10 tahun bernama Salawaku yang diperankan Elko untuk mencari kakaknya Binaiya (Raihaanun) yang pergi tanpa kabar. Salawaku yang seorang yatim piatu, nekat mencuri perahu milik kepala desa dan mendayungnya seorang diri demi menemukan Binaiya di pulau seberang. Dalam perjalanannya, ia bertemu dengan Saras (Karina Salim), yang kemudian memutuskan untuk menemani Salawaku.
Di tengah perjalanan, keduanya berpapasan dengan Kawanua (Joshua Matulessy), kakak angkat Salawaku. Ketiganya kemudian melakukan perjalanan untuk menemukan Binaiya. Konflik pun terbangun, sedikit demi sedikit terungkap alasan Binaiya meninggalkan desanya dan Salawaku. Sebelum tampil di Tokyo, Salawaku meraih penghargaan Piala Dewantara dari Apresiasi Film Indonesia 2016.
Keindahan Indonesia dalam film Salawaku akan bermanfaat bagi parawisata Indonesia, yang kini sedang gencar dipromosikan dengan motto Wonderfull Indonesia . Lewat film akan menarik wisatawan mancanegara berkunjung ke Indonesia, terutama Indonesia bagian timur. Di film Salawaku lah Indonesia benar-benar wonderfull.