Pada 10 September 2019, Trump mengumumkan pemecatan Bolton via Twitter. Disebutkan Trump saat itu bahwa dirinya sangat tidak setuju dengan Bolton untuk beberapa kebijakan. Secara terpisah, Bolton menyebut Trump tidak memecat dirinya dan bersikeras menyebut dirinyalah yang berinisiatif mengundurkan diri.
Selama menjabat dalam pemerintahan Trump, sosok Bolton dipandang sebagai penggerak utama di dalam Gedung Putih yang mendorong pendekatan radikal terhadap Iran, Korut, Venezuela dan kepada beberapa negara lainnya.
Kabar pemecatan Bolton disampaikan setelah Trump mengumumkan pembatalan perundingan rahasia dengan Taliban di Afghanistan. Bolton diketahui menentang upaya Trump dalam berunding dengan Taliban dan pemimpin Korut Kim Jong-Un. Media-media AS menyebut kegagalan Trump untuk menerbangkan pemimpin-pemimpin Taliban ke Camp David, menjadi dorongan terakhir untuk memecat Bolton.
Beberapa waktu terakhir, Bolton kembali menjadi sorotan setelah buku terbarunya berjudul ‘The Room Where It Happened: A White House Memoir’ akan dirilis. Pemerintahan Trump telah mengajukan gugatan hukum dalam upaya mencegah penerbitan buku yang dijadwalkan rilis 23 Juni mendatang.
