1. Badan Benih Nasional
2. Badan Pengendalian Bimbingan Massal
3. Komite Pengarah Pengembangan Kawasan Ekonomi Khusus di pulau Batam, Bintan, dan pulau Karimum
4. Tim Nasional Pembakuan Nama Rupabumi
5. Dewan Kelautan Indonesia
6. Dewan Nasional Kawasan Perdagangan Bebas dan Pelabuhan Bebas
7. Badan Koordinasi Penataan Ruang Nasional
8. Komisi Nasional Pengendalian Zoonosis
9. Dewan Pemantapan Ketahanan Ekonomi dan Keuangan
Di tahun yang sama, Jokowi menerbitkan Perpres Nomor 124 tahun 2016 yang membubarkan Komisi Penanggulangan AIDS Nasional. Terakhir, pada 2017 pemerintah membubarkan Badan Penanggulangan Lumpur Sidoarjo melalui Perpres No 21 Tahun 2017.