Pertama, penangkapan ikan terukur akan merubah wajah tata kelola perikanan melalui sistem pembagian kuota penangkapan ikan (fishing quota-based). Hal tersebut berarti kita memasuki era baru dengan model pengelolaan berbasis output (output control). Perhitungan kuota tersebut didasarkan pada potensi sumber daya ikan yang tersedia dan jumlah tangkapan yang diperbolehkan (JTB) dengan mempertimbangkan tingkat pemanfaatan sumber daya ikan. Ini merupakan model pengelolaan yang harusnya menjawab keraguan banyak pihak yang khawatir kebijakan penangkapan ikan terukur akan sangat eksploitatif dan lebih mendorong peningkatan ekonomi melalui industrialisasi perikanan tangkap. Kuota ini akan didistribusikan untuk tiga kelompok besar yaitu Industri, Nelayan Lokal, dan kegiatan non-komersial.
Pembagian kuota industri dan nelayan lokal akan diberikan dengan mempertimbangkan proporsi berdasarkan karakteristik sumber daya ikan, jumlah dan ukuran kapal penangkap, serta alokasi nelayan kecil yang melakukan penangkapan ikan di atas 12 mil laut. Sedangkan untuk kegiatan non-komersial ditetapkan 0.01% dari kuota industri dan 0.01% dari kuota nelayan lokal. Kuota penangkapan ini tidak diberlakukan bagi nelayan kecil yaitu nelayan. Pendekatan kuota di atas tampak jelas menggambarkan pendekatan sains dan keadilan atas hak akses sumber daya perikanan dalam kebijakan penangkapan ikan terukur.
