Selain itu, wilayah penangkapan ikan terukur akan dibagi menjadi 6 zona. Zona tersebut disusun sebagai satu kesatuan pengembangan ekonomi dan pengelolaan ekosistem, serta bentuk penataan distribusi pembangunan yang merata di setiap kawasan. Sebuah pemikiran komprehensif yang mencoba menyambungkan kegiatan penangkapan ikan di sektor hulu dengan aktivitas peningkatan mutu dan kualitas produk perikanan pada bagian hilir. Zona tersebut meliputi Zona 1 (WPP 711), Zona 2 (WPP 716 dan WPP 717), Zona 3 (WPP 715, WPP 718 dan WPP 714), Zona 4 (WPP 572 dan WPP 573), Zona 5 (WPP 571) dan Zona 6 (WPP 712 dan WPP 713). Ke depan, penangkapan ikan tidak menjadi sebuah perlombaan menangkap ikan yang dilakukan tanpa henti, tapi lebih pada utilisasi hasil perikanan yang lebih baik melalui peningkatan mutu agar diperoleh nilai optimum produk perikanan.
Kedua, kebijakan penangkapan ikan terukur juga memberikan ruang perlindungan dan kesempatan yang besar bagi nelayan kecil. Sejumlah ‘privillege’ diberikan sebagai bentuk perlindungan terhadap nelayan kecil. Hal tersebut termasuk, perizinan berusaha hanya Nomor Induk Berusaha (NIB) dan pemenuhan standar, kebebasan untuk melaksanakan kegiatan penangkapan ikan sesuai dengan zona penangkapan ikan terukur, pembebasan dari pungutan serta pengalokasian Pungutan Negara Bukan Pajak (PNBP) untuk program-program pemberdayaan nelayan kecil termasuk melalui kampung nelayan maju, sarana dan prasarana perikanan dan hal lainnya. Selain itu, prinsip pengalokasian kuota penangkapan ikan bagi industri, nelayan lokal maupun komersil, akan diberikan setelah pendistribusian kuota bagi nelayan kecil.
